Для того чтобы работало корректно время в гостевой системе, добавьте в /etc/rc.local строку:
echo "jiffies" >/sys/devices/system/clocksource/clocksource0/current_clocksource
и перезагрузите систему.
После этого можно корректировать подстройку времени через ntpdate или ntpd.